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1941年10月6日，根据[[苏军最高统帅部|最高统帅部最高统帅部大本营]]的决定，学校组建了一个克里姆林宫独立团参加保卫莫斯科的战斗，独立团由1330名学员、130名红军士兵和112名军官组成，学校校长姆拉登采夫上校兼任团长一职。期间，该独立团由罗科索夫斯基的第16军指挥。12月6日，该独立团在圆满完成了保卫莫斯科的作战任务后被解散。独立团中的高年级学员均被授予中尉军衔并被派往作战部队，学校教职人员和剩下158名学员回校完成后续的工作。莫斯科保卫战中，学校学员表现优异、作战勇猛，有59名学员和30名军官被授予勋章和奖章，而该团损失也相当惨重，一共有811人牺牲，其中，在雅罗布列茨村的战斗中就有500多名学员阵亡。