1959年起，赵南起同志先后任吉林省延边军分区政治部副主任、主任，吉林省延边军分区副政治委员、第二政治委员。他积极探索民兵建设的特点规律，注重树立典型，以点带面，使军分区民兵工作成为吉林省军区和沈阳军区的先进典型。1963年10月参加吉林省社会主义教育运动工作，担任珲春县敬信公社社会主义教育运动工作队书记，其间组织群众迁居位于图们江入海口处的防川。“文化大革命”开始后，他为维护延边地区的稳定和进行工农业生产做了大量工作，作出了贡献。1968年起受到冲击。1973年4月恢复工作后，任吉林省通化军分区政治委员。<ref name=生平/>
1977年4月，赵南起同志任吉林省军区政治部主任。1978年10月任吉林省延边军分区第一政治委员。1979年6月任吉林省军区副政治委员兼延边军分区第一政治委员。1984年3月任吉林省军区政治委员。其间于1978年4月至1985年3月历任中共吉林省延边朝鲜族自治州委第一书记，州革委会主任、州人大常委会主任，吉林省副省长，中共吉林省委副书记、书记（当时设有第一书记）。他主持延边地区的拨乱反正工作，坚持把民族团结摆到首位，对待不同民族干部坚持“一碗水端平”，大力推动平反冤假错案工作，全力维护民族团结，仅用半年多时间就稳定了延边地区局势。他坚决推动延边地区把党的工作重心转到现代化建设上来，积极推行农村改革，提出“因地制宜，分类指导，区别对待”的工作方针，推动延边地区实行家庭联产承包责任制。他全力振兴延边地区经济，提出将资源优势转化为经济优势和现实生产力的“内涵与外延”并重的经济发展新思路，主张大力发展工业，建立与青岛等城市的经济技术协作关系，组织筹建了一批效益高、影响广的企业，推动延边地区经济进入快速发展时期。他重视立法工作，组织力量总结与探索民族工作理论和实践，主持起草的《延边朝鲜族自治州自治条例（草案）》在第五届全国人大民族委员会第二次会议上引起强烈反响，为民族区域自治立法工作提供了重要经验和范例，对促进延边地区政治稳定和经济、文化、教育等事业发展产生了良好影响。在担任省级领导主抓农业期间，全面推行家庭联产承包责任制，使吉林农村发展焕发出勃勃生机，1983年创下粮食产量增幅、提供商品粮、粮食人均占有量、投入产出比增幅“四个全国第一”，使吉林省成为主要商品粮基地。他大力发展水稻生产，努力解决吉林全省人民吃细粮问题。他鼓励发展专业户、重点户，促进了农村多种经营发展。他提出“吉林省农业发展战略”，启动“农业生态工程”，主持制定“东部山区退耕还林、西部草原退耕还草、中部地区建立养地制度”等治理措施，综合治理沙化、碱化、退化耕地，为吉林省率先跨入全国生态省打下了坚实基础。1977年4月，赵南起同志任吉林省军区政治部主任。1978年10月任吉林省延边军分区第一政治委员。1979年6月任吉林省军区副政治委员兼延边军分区第一政治委员。1984年3月任吉林省军区政治委员。其间于1978年4月至1985年3月历任中共吉林省延边朝鲜族自治州委第一书记，州革委会主任、州人大常委会主任，吉林省副省长，中共吉林省委副书记、书记（当时设有第一书记）。<ref name=生平/> 他主持延边地区的拨乱反正工作，坚持把民族团结摆到首位，对待不同民族干部坚持“一碗水端平”，大力推动平反冤假错案工作，全力维护民族团结，仅用半年多时间就稳定了延边地区局势。他坚决推动延边地区把党的工作重心转到现代化建设上来，积极推行农村改革，提出“因地制宜，分类指导，区别对待”的工作方针，推动延边地区实行家庭联产承包责任制。他全力振兴延边地区经济，提出将资源优势转化为经济优势和现实生产力的“内涵与外延”并重的经济发展新思路，主张大力发展工业，建立与青岛等城市的经济技术协作关系，组织筹建了一批效益高、影响广的企业，推动延边地区经济进入快速发展时期。他重视立法工作，组织力量总结与探索民族工作理论和实践，主持起草的《延边朝鲜族自治州自治条例（草案）》在第五届全国人大民族委员会第二次会议上引起强烈反响，为民族区域自治立法工作提供了重要经验和范例，对促进延边地区政治稳定和经济、文化、教育等事业发展产生了良好影响。<ref name=生平/> 在担任省级领导主抓农业期间，全面推行家庭联产承包责任制，使吉林农村发展焕发出勃勃生机，1983年创下粮食产量增幅、提供商品粮、粮食人均占有量、投入产出比增幅“四个全国第一”，使吉林省成为主要商品粮基地。他大力发展水稻生产，努力解决吉林全省人民吃细粮问题。他鼓励发展专业户、重点户，促进了农村多种经营发展。他提出“吉林省农业发展战略”，启动“农业生态工程”，主持制定“东部山区退耕还林、西部草原退耕还草、中部地区建立养地制度”等治理措施，综合治理沙化、碱化、退化耕地，为吉林省率先跨入全国生态省打下了坚实基础。<ref name=生平/>
1985年3月，赵南起同志任解放军总后勤部副部长兼副政治委员、总后勤部党委副书记（1985年4月起）。1987年11月任解放军总后勤部部长、总后勤部党委书记。1988年4月任解放军总后勤部部长、总后勤部党委书记，中华人民共和国中央军事委员会委员。在总后勤部工作时，他提出“以改革总揽全局”，全面推动军队后勤改革。主持制定《军队后勤保障体制改革的总体方案》、《全军后勤改革五年规划》、《“八五”期间全军后勤工作的基本思路》，确定在10年内分三步走，实现全军后勤保障工作根本好转的目标。这些我军后勤建设目标要求的提出并实施，使全军后勤改革得以有序展开、整体推进、健康发展，全军后勤建设成效显著，在积极“忍耐”中有所作为，确保了军事经济效益和军事效益的提高，增强了后勤保障能力和军队战斗力。<ref name=生平/>
赵南起同志无私无畏狠抓从严治军。在整顿以赢利为目的的经营性生产工作中，他深入调查研究，直面突出问题，主持制定了清理整顿军队生产经营的方针政策，在中央军委的领导下，对全军生产经营单位分三步进行清理整顿。他主持开展全军房地产、团以上单位决算审计的清理整顿，组织全军编外车辆、银行账号、油料供应管理检查清理，产生了很好的经济效益和政治影响，实现了中央军委提出的从严治军目标任务。<ref name=生平/>
1992年10月，赵南起同志任解放军军事科学院院长、党委书记，中华人民共和国中央军事委员会委员（至1993年3月）。他提出发展中国军事科学事业的新思路，确定史料的收集、汇编工作要与研究工作相结合，以研究工作为主；基础理论、历史研究要与国防建设、军队建设重大现实问题的研究相结合，以现实问题研究为主；注释性、借鉴性、总结性的研究，要与面向未来、着眼发展的创造性超前研究相结合，以创造性的超前研究为主；低层次的一般性课题的零散研究，要与宏观的战略性课题的系统研究相结合，以宏观的战略性系统性研究为主。他倡导的“四个结合、四个为主”军事科研新方法，受到中央军委首长的充分肯定。仅1993年，军事科学院重大现实课题研究就增加了661992年10月，赵南起同志任解放军军事科学院院长、党委书记，中华人民共和国中央军事委员会委员（至1993年3月）。他提出发展中国军事科学事业的新思路，确定史料的收集、汇编工作要与研究工作相结合，以研究工作为主；基础理论、历史研究要与国防建设、军队建设重大现实问题的研究相结合，以现实问题研究为主；注释性、借鉴性、总结性的研究，要与面向未来、着眼发展的创造性超前研究相结合，以创造性的超前研究为主；低层次的一般性课题的零散研究，要与宏观的战略性课题的系统研究相结合，以宏观的战略性系统性研究为主。他倡导的“四个结合、四个为主”军事科研新方法，受到中央军委首长的充分肯定。<ref name=生平/> 仅1993年，军事科学院重大现实课题研究就增加了66%，在“新时期军事战略方针论证”、“未来作战问题研究”等重大课题中，军事科学院都发挥了重要的理论支持和对策咨询作用，使军事科学院作为中央军委决策咨询机构的职能得到强化。他主持拍摄的《较量——抗美援朝战争实录》，获得“1995年度中国电影华表奖最佳纪录片奖”和“中国电影金鸡奖”。他坚持尊重知识、尊重人才的理念，重视人才和学科建设，深化改革科研管理体制，要求各项工作以科研为中心，以科研工作和科研人员为主体，千方百计为科研人员营造良好、舒心的工作生活环境，特别是解决了住房难等问题，得到科研人员的高度赞扬，至今仍传为佳话。<ref name=生平/>
1998年3月，赵南起同志当选为政协第九届全国委员会副主席。他胸怀大局、求真务实、心系民生、开拓进取，把工作重点放到关系国计民生的全局性重大问题的专题调研和对策性研究上，足迹遍布祖国大江南北，主持起草了《关于辽宁省开展节水农业问题的调研报告》、《关于我国防治荒漠化面临的严峻形势及对策建议》、《关于防治土地沙化问题的若干建议》、《加速农村沼气建设是一件需要重视的大事》、《关于动员全社会力量加快造林绿化的建议》等16份专题报告，引起党中央高度重视，为再造祖国秀美山川倾注了自己的心血与智慧。他多次率团出访，并接待访华外国政要，为加强全国政协与各国议会间联系，促进中国人民与各国人民友好往来，作出了积极贡献。<ref name=生平/>
