[[甲午战争]]结束后,日本为了准备与俄国的战争而开始扩军,新设了六个师团,第十二师团是其中之一,1898年在小仓新设。初代师团长为田村宽一,下辖步兵第十二旅团(小仓)和步兵第二十四旅团(久留米)。隶属部队有步兵第十四、第四十七联队;第二十四、四十八联队。1904年2月[[日俄战争]]爆发后,该师团编入[[第一军(日本)|第一军]],参加了8月的辽阳会战和10月的沙河会战。1918年该师团出兵干涉了[[苏俄内战]],先是登陆了[[海参崴]],随后又在9月占领了[[伯力]]。同年的米骚动爆发后,该师团派遣了步兵第十四联队和第四十七联队。1923年关东大地震的时候,该师团派遣了救护班前往神奈川和千叶县,宇垣裁军的时候,该师团司令部和大部分部队调动至久留米驻扎。<ref>[https://www.jacar.go.jp/glossary/term4/0010-0080-0130.html 第12師団]. 国立公文书馆</ref>
=== 抗日战争时期 ===
1932年2月,该师团参加了[[一·二八事变]],该师团虽然没有全部参战,但派出了下辖的步兵第二十四旅团参加战斗,同时加上其他的辅助部队,改编为混成二十四旅团,22日该旅团下辖的工兵第十八大队的三个工兵发动自杀式攻击手持爆破筒炸破中国军队的防御工事,被日本军方大肆宣传,称为军神肉弹三勇士。,该师团虽然没有全部参战,但派出了下辖的步兵第二十四旅团参加战斗,同时加上其他的辅助部队,改编为混成二十四旅团,22日该旅团下辖的工兵第十八大队的三个工兵(江下武二、北川丞、作江伊之助,均为一等兵军衔)发动自杀式攻击手持爆破筒炸破中国军队的防御工事,被日本军方大肆宣传,称为军神肉弹三勇士<ref>[https://da.lib.kobe-u.ac.jp/da/np/0100331715/?lang=0&mode=0&opkey=R175394822114826&idx=3&codeno=&fc_val=&chk_st=0&check=0000000000000 日本精神の極致 : 三勇士の忠烈]. 大阪每日新闻,1932年2月27日</ref>。
1936年后,该师团常驻我国东北,编入[[关东军]]。多次在该区域内调动。1937年9月,全面抗日战争爆发后,该师团的留守部队组成了新编租的[[第十八师团]]。1938年3月编入[[第三军(日本)|第三军]]。1940年7月,步兵第十四联队调至[[第二十五师团]],该师团改编为三单位师团。12月,该师团补充了战车部队。1941年7月,参与关东军特别大演习,各部均得到了加强,并且按照战时标准补充了所有欠编单位。此后长期在我国东北地区长期在此地进行游击队讨伐作战。
1943年,该师团调整编制。1944年4月向米克罗尼西亚雅浦岛派出了第四特遣队(下辖第十二步兵团司令部,步兵第二十四、第四十六、第四十八联队各自的第三大队、野炮兵第二十四联队第三大队,工兵第是吧联队第三中队)。11月,因为战局恶化,准备派往台湾。但在派往台湾的时候,因为运力受限,该师团大批战马无法派往台湾,只能在此时大幅缩编。12月,该师团在东宁县集结完成。1月,该师团编入日军驻台湾[[第十方面军(日本)|第十方面军]]。该师团随后从釜山出发,期间还被美军潜艇击沉了三艘运兵船。2月份登陆基隆,到达台湾后,还得到了未能派往菲律宾[[第十九师团]]部分兵力的加强,随后改隶于[[第四十军(日本)|第四十军]],防卫台南和高雄地区。在第四十军调往南九州后,暂时编入南部集团长([[第七十一师团]]长兼任)的指挥下,随后再度编入第十方面军,驻扎于新竹地区,随后在台湾迎来了日本投降。投降后,在台湾岛内召集的士兵被遣散,9月,为了保障该地区投降部队的统一指挥,该师团将[[独立混成第七十六旅团]]、[[独立混成第一〇三旅团]]和其他该地区的陆海军部队指挥权全部收编。10月,该师团在台南和高雄进行城市重建工作,并在此待命,随后复员。复员时,部队在高雄集结,分批从浦贺、名古屋、鹿儿岛、大竹、宇品登陆,在这期间,应中国方面要求,该师团必须每日派出两千人在高雄进行城市重建工作。<ref>[https://www.jacar.go.jp/glossary/term/0100-0040-0090-0010-0010-0020.html 第12師団(剣)]. 国立公文书馆</ref>
== 历代师团长 ==
# 田村宽一中将:1898年10月1日-1899年3月6日死亡