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1940年3月29日，学院在[[茹科夫斯基空军工程学院|茹科夫斯基空军学院]]高级指挥人员进修班、作战系、指挥系和领航系的基础上建校，学院被命名为'''工农红军空军指挥与领航员学院工农红军航空兵指挥与领航员学院'''（Военная академия командного и штурманского состава ВВС Красной Армии）。学院建校的目的是为空军培养飞行作战的指挥人才，并研究作战指挥一类的相关问题。