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1917年12月6[19]日，[[苏俄人民委员会|人民委员会]]在讨论《关于全俄各政府机构公职人员怠工可能性》的问题时，指示捷尔任斯基成立一个特别委员会来打击这种消极怠工行为。次日，人民委员会又赋予了该委员会打击破坏活动的职权，并决定任命捷尔任斯基担任[[全俄肃清反革命及怠工非常委员会主席]]。在他的领导下，全俄肃反委员会成为了[[俄国内战]]时期保卫党和国家领导人安全，打击投机倒把犯罪和反革命阴谋集团的重要机关。此外，他还创立了改善儿童生活委员会，领导该委员会解决了数以万计的流浪儿童问题，为他们提供了接济中心、孤儿院和儿童公社，使流浪儿童得到食物、教育、医疗和工作保障。

1918年7月7日，由于受德国大使[[威廉·冯·米尔巴赫]]被刺杀的影响，他暂时辞去了全俄肃反委员会主席一职。次月22日，他重新担任全俄肃反委员会主席。