1989年6月,在中共十三届四中全会上,江泽民当选为中共中央政治局常委、中央委员会总书记。他在会上坚定指出:“党的十一届三中全会以来的路线和基本政策没有变,必须继续贯彻执行。在这个最基本的问题上,我要十分明确地讲两句话:一句是坚定不移,毫不动摇;一句是全面执行,一以贯之。”同年11月,中共十三届五中全会决定江泽民为中共中央军事委员会主席。1990年3月,在七届全国人大三次会议上,江泽民当选为中华人民共和国中央军事委员会主席。<ref name="伟大光辉的一生" />
1992年6月,他提出对高度集中的计划经济体制进行根本性的改革势在必行,不然就不可能实现我国的现代化,根据邓小平南方谈话精神,他明确提出使用“社会主义市场经济体制”这个提法,为中共十四大召开做了重要的思想理论准备,中共十四大正式把建立社会主义市场经济体制确立为中国经济体制改革的目标。中共十四届三中全会通过的《关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》,制定了建立社会主义市场经济体制的总体规划。到20世纪末,我国已初步建立了社会主义市场经济体制的基本框架。江泽民指出,公有制为主体、多种所有制经济共同发展,是我国社会主义初级阶段的一项基本经济制度;公有制实现形式可以而且应当多样化;股份制是现代企业的一种资本组织形式,资本主义可以用,社会主义也可以用。必须毫不动摇巩固和发展公有制经济,必须毫不动摇鼓励、支持和引导非公有制经济发展。他强调,改革国有资产管理体制是深化经济体制改革的重大任务,要在坚持国家所有的前提下充分发挥中央和地方两个积极性。他指出,国有企业是我国国民经济的支柱,国有企业改革是我国经济体制改革的中心环节,要着眼于搞好整个国有经济,抓好大的,放活小的,对国有企业实施战略性改组。他指出,建立现代企业制度是国有企业改革的方向,要按照“产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学”的要求,对国有大中型企业实行规范的公司制改革,使企业成为适应市场的法人实体和竞争主体。他提出,充分发挥市场机制的作用和加强宏观调控都是建立社会主义市场经济体制的基本要求,要加快健全和完善宏观调控体系,深化金融、财政、计划体制改革,完善宏观调控手段和协调机制,实施适度从紧的财政政策和货币政策,注意掌握调控力度。他强调,理顺分配关系事关广大群众的切身利益和积极性的发挥,要完善按劳分配为主体、多种分配方式并存的分配制度,坚持效率优先、兼顾公平,建立健全同经济发展水平相适应的社会保障体系,完善城镇职工基本养老保险制度和基本医疗保险制度,健全失业保险制度和城市居民最低生活保障制度,探索建立农村养老、医疗保险和最低生活保障制度。<ref name="伟大光辉的一生" />
1992年10月,在中国共产党第十四次全国代表大会上,江泽民作题为《加快改革开放和现代化建设步伐,夺取有中国特色社会主义事业的更大胜利》的报告,提出确立邓小平建设有中国特色社会主义理论在全党的指导地位,确定中国经济体制改革的目标是建立社会主义市场经济体制,强调抓住机遇,加快发展,集中精力把经济建设搞上去。在中共十四届一中全会上,江泽民当选为中共中央政治局常委、中央委员会总书记,全会决定江泽民为中共中央军事委员会主席。1993年3月,在八届全国人大一次会议上,江泽民当选为中华人民共和国主席和中华人民共和国中央军事委员会主席。<ref name="伟大光辉的一生" />
进入20世纪90年代,江泽民紧紧把握经济全球化不断加快的趋势,强调中国要发展、要进步、要富强,就必须对外开放,加强同世界各国的经济、科技、文化的交流合作,吸收和借鉴一切先进的东西。他提出,我们要进一步完善有关政策,继续坚定不移扩大对外开放,不断丰富对外开放的形式和内容,不断提高对外开放的质量和水平,完善全方位、多层次、宽领域的对外开放格局。加入世界贸易组织是党从我国经济发展和改革开放的需要出发作出的重大战略决策,标志着我国对外开放进入了一个新的阶段。江泽民阐明了中国加入世界贸易组织的原则:第一,中国加入世界贸易组织是中国经济发展和改革开放的需要,同样世界贸易组织也需要中国,没有12亿多人口的中国参加,世界贸易组织是不完整的,也不利于世界经济的发展;第二,中国是一个发展中国家,社会生产力还不发达,只能以发展中国家的条件加入世界贸易组织;第三,中国加入世界贸易组织,其权利和义务一定要平衡,中国不会接受过高的、超出中国承受能力的要价。遵照这些指导原则,中国在加入世界贸易组织谈判过程中始终掌握主动权,于2001年12月正式成为世界贸易组织成员。江泽民强调,进一步吸引外商直接投资,提高利用外资质量和水平,进一步扩大商品和服务贸易,实施市场多元化战略,坚持以质取胜,经济特区要增创新优势、更上一层楼。他提出,实施“走出去”战略是对外开放新阶段的重大举措,“引进来”和“走出去”是对外开放的两个轮子,必须同时转动起来。他强调,中国发展和进步离不开世界各国文明成果,在对外开放的过程中,必须始终注意维护国家主权和经济社会安全,注意防范和化解国际风险冲击,处理好扩大对外开放和坚持自力更生的关系,把立足点放在依靠自己力量的基础上。<ref name="伟大光辉的一生" />
江泽民担任中央军委主席期间,对国防和人民军队建设提出许多重要思想,创立了江泽民国防和军队建设思想。他提出,建立巩固的国防是我国现代化建设的战略任务,是维护国家安全统一和全面建设小康社会的重要保障。要坚持以毛泽东军事思想、邓小平新时期军队建设思想为指导,按照政治合格、军事过硬、作风优良、纪律严明、保障有力的总要求,紧紧围绕打得赢、不变质两个历史性课题,坚定不移走中国特色的精兵之路,加强人民军队革命化现代化正规化建设。要始终把思想政治建设摆在我军各项建设的首位,永葆人民军队性质、本色、作风。他强调,党对人民军队的绝对领导是我军永远不变的军魂,要毫不动摇地坚持党领导人民军队的根本原则和制度。他提出要迎接世界新军事变革挑战,积极推进中国特色军事变革。20世纪90年代,中共中央和中央军委确立新时期积极防御的军事战略方针,在战略指导上实行重大调整,把军事斗争准备的基点由应付一般条件下的局部战争转到打赢现代技术特别是高技术条件下的局部战争上来,此后进一步提出把军事斗争准备的基点放到打赢信息化条件下的局部战争上来,明确了新形势下我军军事斗争准备的目标和任务,抓住了我军建设的主要矛盾,正确解决了我军建设和改革的发展方向问题。他提出,军队、武警部队和政法机关一律不再从事经商活动。他强调,要坚持国防建设与经济建设协调发展的方针,在经济发展的基础上推进国防和军队现代化,尽快形成自己的高技术武器装备的“杀手锏”。<ref name="伟大光辉的一生" />
1995年1月,他发表了《为促进祖国统一大业的完成而继续奋斗》的重要讲话,提出了现阶段发展两岸关系、推进祖国和平统一进程的八项主张,强调坚持一个中国的原则是实现和平统一的基础和前提,我们不承诺放弃使用武力决不是针对台湾同胞,而是针对外国势力干涉中国统一和搞“台湾独立”的图谋的。讲话既体现完成祖国统一大业的坚定决心,又充分考虑到台湾同胞愿望和台湾实际情况,引起海内外高度关注和积极反响。他提出文攻武备总方略,领导开展反分裂、反“台独”重大斗争。他郑重指出,国家要统一,民族要复兴,台湾问题不可能无限期地拖延下去;我们坚信,通过全体中华儿女共同努力,祖国的完全统一就一定能够早日实现。<ref name="伟大光辉的一生" />
1997年9月,在中国共产党第十五次全国代表大会上,江泽民作题为《高举邓小平理论伟大旗帜,把建设有中国特色社会主义事业全面推向二十一世纪》的报告,着重阐述邓小平理论的历史地位和指导意义,提出党在社会主义初级阶段的基本纲领,明确公有制为主体、多种所有制经济共同发展是我国社会主义初级阶段的一项基本经济制度,强调依法治国、建设社会主义法治国家,明确我国改革开放和现代化建设跨世纪发展的宏伟目标。在中共十五届一中全会上,江泽民当选为中共中央政治局常委、中央委员会总书记,全会决定江泽民为中共中央军事委员会主席。1998年3月,在九届全国人大一次会议上,江泽民当选为中华人民共和国主席和中华人民共和国中央军事委员会主席。<ref name="伟大光辉的一生" />
他领导推进中国政府对香港、澳门恢复行使主权的一系列准备工作。1997年7月1日实现香港回归,1999年12月20日实现澳门回归。他先后赴香港、澳门参加中英政府、中葡政府举行的香港、澳门交接仪式。香港和澳门回归祖国,丰富了“一国两制”的理论和实践。香港、澳门回归祖国后,他强调,在任何情况下都必须全面正确贯彻“一国两制”方针,严格按照香港基本法、澳门基本法办事,全力支持香港、澳门两个特别行政区行政长官和政府的工作,广泛团结港澳各界人士,共同维护和促进香港和澳门繁荣、稳定、发展。在中央政府坚定支持下,两个特别行政区政府沉着应对亚洲金融危机及内外经济环境变化带来的冲击和影响,团结各界人士,妥善处理了一系列社会和经济问题,保持了社会稳定和经济发展。江泽民把握解决台湾问题大局,推动两岸双方达成体现一个中国原则的“九二共识”,推进两岸协商谈判。<ref name="伟大光辉的一生" />
面对国际局势跌宕起伏,江泽民深刻洞察世界形势发展总趋势,提出了一系列外交和国际战略思想,丰富了中国特色社会主义外交理论和实践。他指出,和平与发展仍是当今时代的主题,世界多极化和经济全球化在曲折中发展给世界的和平与发展带来了机遇和有利条件,新的世界大战在可预见的时期内打不起来,争取较长时期的和平国际环境和良好周边环境是可以实现的,但不公正不合理的国际政治经济旧秩序没有根本改变,影响和平与发展的不确定因素在增加,传统安全威胁和非传统安全威胁的因素相互交织,霸权主义和强权政治有新的表现,南北差距进一步扩大,世界还很不安宁,人类面临着许多严峻挑战。他强调,和平与发展仍然是当今时代的主题,不管国际风云如何变幻,中国始终不渝奉行独立自主的和平外交政策,中国外交政策的宗旨是维护世界和平、促进共同发展。他提出,中国把加强同发展中国家的团结合作作为对外政策的基本立足点,改善和发展同发达国家的关系,继续加强睦邻友好,坚持与邻为善、以邻为伴,加强区域合作,把同周边国家的交流和合作推向新水平,增强同第三世界的团结和合作,加强相互帮助和支持。他提出,要积极推动世界走向多极化,推进国际关系民主化,尊重世界多样性,加强文明交流互鉴。他强调,中国将继续积极参与多边外交活动,在联合国和其他国际及区域性组织中发挥作用,支持发展中国家维护自身正当权益。他提出建立适应时代需要的新安全观,核心是互信、互利、平等、协作。他推动成立的上海合作组织是第一个由中国参与推动建立并以中国城市命名的地区性合作组织,它所倡导的互信、互利、平等、协商、尊重多样文明、谋求共同发展的“上海精神”在当代国际关系中产生了重要影响。<ref name="伟大光辉的一生" />
江泽民担任党和国家主要领导职务之际,我国正面临着国内外形势十分复杂、世界社会主义出现严重曲折的严峻考验。他团结带领党的中央领导集体,紧紧依靠全党全军全国各族人民,从容应对一系列关系我国主权和安全的国际突发事件,战胜在政治、经济领域和自然界出现的困难和风险,特别是成功应对了亚洲金融危机的冲击、夺取了1998年抗洪抢险斗争的全面胜利,保证了改革开放和社会主义现代化建设的航船始终沿着正确方向破浪前进。<ref name="伟大光辉的一生" />
江泽民创立的“三个代表”重要思想,是对马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论的继承和发展,反映了当代世界和中国的发展变化对党和国家工作的新要求,是加强和改进党的建设、推进我国社会主义自我完善和发展的强大理论武器,是中国共产党集体智慧的结晶,是党必须长期坚持的指导思想,是党和人民的宝贵精神财富。<ref name="伟大光辉的一生" />
2002年11月,在中国共产党第十六次全国代表大会上,江泽民作题为《全面建设小康社会,开创中国特色社会主义事业新局面》的报告,提出全面建设小康社会的奋斗目标,阐述全面贯彻“三个代表”重要思想的根本要求。中共十六届一中全会决定江泽民为中共中央军事委员会主席。2003年3月,在十届全国人大一次会议上,江泽民当选为中华人民共和国中央军事委员会主席。<ref name="伟大光辉的一生" />