1925年,步兵第六十四联队撤销番号,步兵第四十七联队编入第六师团。<ref name=历/>
1928年4月出兵山东,九一八事变后,于1932年末重编参加热河作战,在长城冷口击败商震的32军。1928年4月出兵山东,制造济南惨案<ref name=党建>[http://www.ytdangjian.gov.cn/system/2015/12/14/010595193.shtml 制造南京大屠杀日军部队的下场和历史结局] — 烟台党建,2015年12月14日</ref>。九一八事变后,于1932年末重编参加热河作战,中国守军以伤亡近万人的代价,坚守阵地一个多月,给日寇以沉重打击,但仍因实力差距悬殊被击败<ref>[http://www.tsdsw.gov.cn/list_info_34_0_32.html 抗战期间发生在唐山境内的战斗战役] — 唐山党史网,2015年10月9日</ref>。
1937年7月卢沟桥事变爆发,27日该师团编入[[支那驻屯军]]第六师团转战于永定河、保定以及石家庄。于10月20日给柳川平助中将指挥的[[第十军]],在杭州湾登陆。迫使在上海的中国守军全线崩溃,退向南京。第六师团也立即与其他部队一起调转方向追击中国守军,并完成合围南京。1937年12月13日南京陷落。第六师团正是参与南京大屠杀的罪魁祸首。<ref>[http://www.xinhuanet.com/world/2015-10/10/c_1116783230.htm 背景资料:南京大屠杀] — 新华网,2015年10月10日</ref>
1938年2月14日,编入[[中支那派遣军]]参加徐州会战,7月4日改隶第[[第十一军]],参加了武汉作战,该师团于10月26日第一个占领了汉口。<ref>[http:name=党建//www.ytdangjian.gov.cn/system/2015/12/14/010595193.shtml 制造南京大屠杀日军部队的下场和历史结局] — 烟台党建,2015年12月14日</ref><ref>[http://m.hbdysh.cn/pcarticle/44858 80年前的今天,武汉沦陷!] — 湖北党建信息门户网站,2018年10月30日</ref>
1938年5月15日,驻扎于日本的留守第六师团改编为[[第一〇六师团]]。<ref>[https://www.jacar.archives.go.jp/aj/meta/result?DB_ID=G0000101EXTERNAL&DEF_XSL=default&ON_LYD=on&IS_INTERNAL=false&IS_STYLE=default&IS_KIND=detail&IS_START=1&IS_NUMBER=1&IS_TAG_S18=eadid&IS_KEY_S18=M2011112915382802964 第106師団将校職員表 昭和13年5月20日調製 留守第6師団] — 国立公文书馆,亚洲史料中心</ref>