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此后，南次郎被调任第三骑兵旅旅团长。担任第三骑兵旅旅团长一年多后，南次郎转任骑兵学校校长，后升任第十六师团师团长。经历了这样一个小小的迂回之后，1927年，南次郎终于顺利地被擢升为陆军参谋次长。南次郎当上陆军参谋次长后，正值日本国内军国主义势力迅速膨胀、蓄谋发动侵华战争的时候。日军内部策划的一系列对华政策方案，制造的许许多多“意外”事件，南次郎都参与其中，并立下了“汗马功劳”。<ref name=纪念/>

1929年4月就任朝鲜军司令官，1931年4月，作为宇垣一成的后任就任第2次若槻内阁的陆军大臣。南次郎被定位为与白川义则、金谷范三参谋总长并列的稳健派，文官认为南次郎是能够与他们合作控制陆军的高层，币原喜重郎和安达谦藏也对南次郎寄予了厚望。但是，由于南次郎长期在部队主官职务上工作，军政能力欠缺，他的陆军领导力并不足，而且立场经常摇摆不定。对宇垣来说，南次郎只是接任突然病死的[[畑英太郎]]的备用人选。后来的在内阁会议上表明满洲独立、间岛出兵、退出国际联盟等主张，南次郎也经常立场摇摆。围绕宇垣裁军，以军政改革将剩余资金充当现代化财源为目标，与主张归还国库的大藏省对立。就任后的同月27日，向金谷参谋总长询问裁军的意见时，金谷对削减师团表现出了否定的态度。关于扩大会议派主张的对华武器全面出口解禁的讨论，与币原一样，继承了仅限于东北军和南京中央国民政府军的宇垣路线。另外，任陆军大臣期间，其属下的军事科长永田铁山参与了国家总动员法的制定。