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谋杀的动机仍然众说纷纭：有人认为是苏联派人来谋杀他，目的是为了保持华约国家（特别是[[波兰人民共和国|波兰]]）的稳定。其他人则认为，可能是梵蒂冈内部不满若望·保禄二世担任教皇的人士策划。最后，由于没有任何证据，最后唯有以阿加只是想恐吓教皇定案。

罗马时间2005年4月2日21时37分因病在梵蒂冈去世，终年84岁，在位近27年，是至今历任教皇在位时间中第三长<ref>[https://news.sina.com.cn/w/2005-04-03/04445539261s.shtml 罗马教皇约翰-保罗二世在梵蒂冈去世终年84岁]. 新浪网，2005年4月3日</ref>。4月8日在圣伯多禄广场举行葬礼，随后安葬于圣伯多禄大殿的地下墓穴<ref>[https://www.gmw.cn/01gmrb/2005-04/09/content_212914.htm 罗马教皇约翰―保罗二世葬礼举行]. 光明网，2005年4月9日</ref>。