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1940年3月，指挥系、领航系、作战系和高级指挥员进修班等从学院中独立，并在其基础上创建了[[加加林空军学院|'''红军空军指挥与领航员学院红军航空兵指挥与领航员学院''']]（Военная академия командного и штурманского состава ВВС Красной Армии）。之后，茹科夫斯基教授空军学院只负责为空军培养工程技术人员。